É constituído de unidades constituídas de leitos de pedras britadas que servem de suporte de fixação de microorganismos aeróbios responsáveis pela conversão e oxidação de matéria orgânicas e nutrientes.

Os filtros biológicos são operados em série, para maximizar a nitrificação.

As bactérias benéficas estão aderidas em sua maior parte em colônias fixadas em qualquer superfície como nos vidros, substrato, enfeites, plantas e mídias localizadas dentro do filtro destinado a filtragem biológica. Existe ainda uma quantidade infinitamente inferior de bactérias em suspensão na água. Elas atuam permanentemente para se ter o equilíbrio desejado em nosso pequeno ecossistema. Resumidamente elas decompõem a amônia (letal para os peixes) em compostos menos tóxicos (Nitritos e Nitratos).